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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
25/02/2013 |
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Data da última atualização: |
25/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C. |
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Afiliação: |
EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA, UFPA; SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO, UFPA; SYLVAIN DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; IRACILDA DA CUNHA SAMPAIO, UFPA. |
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Título: |
Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Piper nigrum L; Sequenciamento de nova geração. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/77266/1/273.pdf
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Marc: |
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520 $aNeste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
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URL |
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| Registros recuperados : 2 | |
| 1. |  | TERNES, S.; MOURA, M. F.; SOUZA, K. X. S. de; VAZ, G. J.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; LIMA, H. P. de; TAKEMURA, C. M.; COELHO, E. A.; BARBOSA, F. F. L.; VISOLI, M. C.; MENEZES, G. R. de O.; SILVA, L. O. C. da; SANTOS, S. A.; MASSRUHÁ, S. M. F. S.; ABREU, U. G. P. de; SORIANO, B. M. A.; SALIS, S. M.; OLIVEIRA, M. D. de; TOMAS, W. M. Scientific computing in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 5, p. 92-108. Na publicação: Enilda Coelho, Suzana Maria Salis.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pantanal; Embrapa Territorial. |
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| 2. | | TERNES, S.; MOURA, M. F.; SOUZA, K. X. S. de; VAZ, G. J.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; LIMA, H. P. de; TAKEMURA, C. M.; COELHO, E. A.; BARBOSA, F. F. L.; VISOLI, M. C.; MENEZES, G. R. de O.; SILVA, L. O. C. da; SANTOS, S. A.; MASSRUHÁ, S. M. F. S.; ABREU, U. G. P. de; SORIANO, B. M. A.; SALIS, S. M.; OLIVEIRA, M. D. de; TOMAS, W. M. Computação científica na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 5, p. 120-144. Na publicação: Enilda Coelho, Suzana Maria Salis.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pantanal; Embrapa Territorial. |
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